熒光定量PCR是在PCR擴增反應體系中加入熒光基團，通過實時檢測擴增反應中每個周期產物的熒光信號，然后通過標準曲線定量分析未知模板的方法。以探針法熒光定量為例：在PCR擴增中，加入一對引物，并加入一個特異的熒光探針。探針兩端分別標記有報告熒光基團和猝滅熒光基團。

　　熒光探針組的熒光信號在擴增開始時被任何一組熒光探針所阻斷，熒光信號被熒光探針*阻斷，從而使熒光監測系統能夠接收到熒光信號，即每個擴增出的DNA鏈中，都有一個熒光分子形成，使熒光信號的積累與PCR產物的形成*同步。

　　關于熒光定量PCR的應用分析：

　　1、核酸定量分析：對傳染性疾病進行定量定性分析，病原微生物或病毒含量的檢測,轉基因動植物基因拷貝數的檢測，RNAi基因失活率的檢測等。

　　2、基因表達差異分析：比較經過不同處理樣本之間特定基因的表達差異(如藥物處理、物理處理、化學處理等)，特定基因在不同時相的表達差異以及CDNA芯片或差顯結果的確證

　　3、SNP檢測：檢測單核苷酸多態性（SNP）對于研究個體對不同疾病的易感性或對特定藥物的不同反應具有重要意義。由于SNP的結構簡單，一旦知道SNP的結構和信息量，采用這種技術進行高通量的SNP檢測將會變得簡單而準確。

　　4、甲基化檢測：甲基化與許多人類疾病有關，尤其是癌癥。DNA在擴增前經過處理，使未甲基化的胞嘧啶變成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶則不受影響。用特異性引物和TaqMan探針區分甲基化和非甲基化DNA，不僅簡便而且靈敏。

　　5、產前診斷：人們不能治療由遺傳物質變化引起的遺傳病。到目前為止，我們只能通過產前監測來減少病兒的出生，從而預防各種遺傳病的發生，從母體外周血中分離胎兒DNA，用實時熒光定量PCR檢測Y性別決定區基因是一種無創的方法。